2016-ban Bill Clinton ismét aktív szerepet vállalt felesége elnökjelölti kampányában. Hillary megnyerte a demokrata jelölést, így ő lett az első nő, aki az Egyesült Államok egyik nagy pártjának elnökjelölti listáját vezette, de végül elvesztette a választást a republikánus Donald Trump ellenében.
Az Indiai-óceánon keletkezett szökőár okozta pusztítás enyhítésére Kofi Annan, az ENSZ akkori főtitkára Bill Clintont nevezte ki a segélyezési erőfeszítésekért felelős különleges megbízottnak. A 2012-es választások során Clinton Obama mellett kampányolt. 2013-ban Elnöki Szabadság Érdemérmet kapott, az Egyesült Államokban a civileknek adható legmagasabb kitüntetést.
Az előadóként is népszerű Bill Clinton továbbra is hallatja hangját politikai és társadalmi kérdésekben. 2001-ben megalapította a globális kérdésekkel foglalkozó Clinton Alapítványt, amely 2013-tól Bill, Hillary és Chelsea Clinton Alapítvány néven folytatja tevékenységét.